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それぞれについて深く遊んでいるわけでないのでやや机上の空論です。

まず、世代というか進化という点で、

第１世代…D&D（物理法則に関する共通認識をシステムで提供）
第２世代…Rune Quest（物理法則と背景設定に関する共通認識をシステムで提供）
第３世代…FEAR系（物理法則と背景設定と物語に関する共通認識をシステムで提供）
第４世代(?)…Aの魔法陣（システムでは共通認識を提供しない）

とありますが、これらのなかには、世代という尺度以上のギャップがあると考えています。「ゲーム」というものを、ある目的を設定してそれを達成することを目標とするものとすると、その「目的」そのものがもはや違うのではないでしょうか？

D&Dとかのゲームであれば、比較的単純(純粋)な目的を設定しそれを、プレイヤーの戦略、戦術によって遂行していくことを目的としていると思います。
ゲームマスターとしては、適切なバランスの目的を設定しプレイヤーの戦略・戦術を最大限引き出すのが目的、かな。

第１世代に対して、第２世代的なシステムもまた彩りとしての要素が増えていても芯となる部分は共通だと思います。
ルーンクエストなどは、それに物語・世界的な要素で深みを持たせていますが、目的は変化していないと思います。
行動理念などに世界背景などが絡むことで単純なルールだけではなく社会的な制約がキャラクターに与えられたものかなと

ところで、第３，第４世代といわれるものは、上述の第１、第２世代のような目的遂行型TRPGといえるのでしょうか？
もちろん目的遂行型TRPGとしてプレイされる場合もあると考えますが、そういった感覚でプレイした場合、それに特化された旧世代システムに比べて物足りなさとか違和感などが生じるんではないかなと思います。
第３世代のものはFEAR系しか知りませんが、旧世代に物語を追加したものではなく、逆に物語が主眼であり、旧世代の要素をフレーバーとして入れたものと考えています。
これは旧世代のゲームに似せるため、遊びやすくするためのもので、物語のゲーム性の要素が十分であれば、旧世代の要素がなくても成立つものであると考えます。物語の要素と、目的遂行型の要素は直線上のベクトルに立つものではなく直交成分ではないかなと。
究極的には、これら直交成分のどちらをも満足させるシステムを作ることは理論上可能だと思っていますが、今はそういったシステムはないかなと。

物語のゲーム性についてですがまだ確固たるイメージ(言葉)が出て来ないんですよね……ただ、物語のゲームにおいては旧世代スタイルの「ゲームマスター」はおそらく機能しないのではないかと思います。共通認識の世界が誰かの世界であってはいけないかなと思ってます。誰かの世界に堕ちた瞬間ただのごっこ遊びではないのかなと。

旧世代システムは自然科学をベースとした抽象化がなされており直感的に状況を理解できるけど、物語の方はやや哲学的（認知や認識など）なものをベースにした抽象化なので、前提として全員が同じ認識に立っていないとゲームにすらならないと思います。
さらに言えば、この哲学的要素って多くの人が楽しさを見いださない領域だと思うんですよね。かといって標準的な共通認識を明文化してしまうとそれは旧世代のゲームデザインをすることに等しいのじゃないかなと。
なので、物語のゲームが同じメンツでくり返し遊ばれていると、物語的要素はひとつの認識に収束して、ひとつの旧世代システムが出来上るのではないかなと。

最後に補足になりますが、文脈の流れから１，２世代を旧世代、３，４世代を新世代と書いている部分がありますが、これらは進化のベクトル上の新旧の関係にあるものではないと考えています。
なので旧世代の延長として新世代を捉えても劣化したTRPGにしか感じないだろうし新世代から旧世代を捉えても、古くさいTRPGとしか感じないのではないかなと。

まあ、ここまで書いてこう言うのはどうかとは思うけど、自分が面白いと思うものを遊べば良いんじゃないかなぁ。